Perguruan Tinggi Agama Islam Bunga Bangsa Cirebon telah berdiri sejak tahun 1995 di bawah binaan Yayasan Pendidikan Bunga Bangsa Cirebon dengan nama pertama Sekolah Tinggi Agama Islam Bunga Bangsa Cirebon (STAI BBC), dengan legalitas izin Departemen Agama RI Nomor: Dj.II/43/03.
Pada tanggal 17 Juli 2015, berubah status menjadi Institut Agama Islam Bunga Bangsa Cirebon (IAI BBC) dengan SK Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Nomor 3456 Tahun 2015.
Pada Tanggal 7 Desember 2022, berubah alih bentuk menjadi Universitas Islam Bunga Bangsa Cirebon (UI BBC) berdasarkan Keputusan Menteri Agama nomor 1333 tahun 2022.